Italští obchodníci se zabývali především prodejem luxusního zboží, které bylo v té době na císařském dvoře velmi žádané, ale největší skupinu kolonie tvořili architekti, zedníci, kameníci a štukatéři, kteří pracovali na početných stavbách královského paláce a prestižních rezidencí české šlechty. Šlechta obdivovala renesanční styl, který Italové založili a byli v něm opravdovými mistry. Italové, kteří se usadili v hlavním městě, přicházeli především z oblasti lombardských jezer mezi Milánským vévodstvím a Benátskou republikou. V Praze žili v blízkosti hradu, zatímco jejich dílny byly okolo nynějšího Malostranského náměstí, které tehdy bylo známé jako “Italské náměstí”. Kromě podhradí Italové obývali též ulici Karlova a Vlašská, která dříve nesla jméno “Italská ulice”.
V průběhu let italská kolonie rostla. To přimělo jezuity z Klementinských kolegií, kteří byli přítomní v Praze od roku 1556 na základě pozvání ze strany Ferdinanda I., konat od roku 1560 kázání v italštině v kostele Svatého Klementa na území Starého Města. A byli to právě jezuité, kteří začali organizovat již početnou italskou komunitu a tak se stalo, že na popud Jezuitského řádu mezi lety 1573 a 1575 (zdroje se neshodují) komunita toužila mít svou stabilní organizaci, kterou se stala Kongregace Panny Marie Nanebevzaté; instituce s charitativními a náboženskými účely inspirována mariánskou kongregací jezuitských kolegií. Kongregace měla motto: “Pro Deo et paupere” (Bohu a chudým) a měla dva hlavní cíle: obrana katolické víry v protestantských Čechách a realizace dobročinných činností jako pomoc chudým a potřebným, bez ohledu na jejich náboženskou víru; péče o nemocné a poslední pomazání mrtvým. První duchovní spolupracovník nové instituce byl italský Otec Blasius Montanini.
V protestantských Čechách, kde působil charismatický náboženský vůdce Jan Hus, Italská kongregace představovala jednu z katolických menšin na území a proto v roce 1580 dostala zvláštní privilegia od papeže Řehoře XIII.
V roce 1569 Italové již měli vybudovanou vlastní kapli na Starém Městě v jezuitských klementinských kolegiích, kde se konala jejich náboženská setkání. Tato kaple byla později zbořena v roce 1589, protože byla příliš malá pro komunitu, ke které se mezitím přidali noví členové a byla kompletně zrekonstruovaná začátkem roku 1590. Tato nová kaple, posvěcena v srpnu roku 1600 Monsignorem Filippo Spinellim, papežským nunciem na dvoře Rudolfa II, díky své zvláštní architektonické struktuře s oválným půdorysem si drží dodnes své přední místo v dějinách české a evropské architektury, jelikož se jedná o první příklad italské oválné kaple za Alpami. Kaple s kopulí byla ozdobena majestátním freskou s námětem Panny Marie Nanebevzaté. I přesto, že kaple byla věnována Panně Marii, vždy byla lidmi nazývána “italská kaple”, a toto jméno se stále používá.
V roce 1602 vzhledem k rostoucímu počtu chudých a potřebných, které členové Kongregace hostili ve svých domech, se Kongregace rozhodla koupit dům pana Domenica de Bossiho, svého váženého člena, který se nacházel ve čtvrti Malá Strana, a udělala z něho sídlo nemocnice s cílem pomoci potřebným, a to zejména dětem, které zde dostaly jak lékařskou, tak sociální pomoc. De Bossi předal své bydliště Kongregaci za symbolický poplatek. Ale brzy i tato struktura již nestačila a proto Kongregace požádala císaře Rudolfa II. o povolení k nákupu dalších domů v blízkosti nemocnice. V roce 1608 instituce obdržela od císaře Rudolfa, jenž ocenil její dobročinné aktivity, povolení ke koupi dalších nemovitostí za cílem rozšíření struktury a další významné výody jako osvobození od všech druhů daní a poplatků a možnost v budoucnu koupit domy a pozemky a tak dále rozšířit budovu. Tyto výsady byly později znovu potvrzeny různými panovníky jako například Marií Terezií v roce 1744. Později budova na Malé Straně byla několikrát rozšířená a dokonce ex novo přestavěná v roce 1611. Dokončena byla v roce 1617. Uvnitř nemocnice byla také jednolodní kaple, zasvěcená Panně Marii Nanebevzaté a svatému Karlovi Boromejskému, postavená v roce 1617 a vysvěcena 23. července téhož roku pražským arcibiskupem Janem Loheliusem.
Od roku 1622 uvnitř budovy nemocnice byla také otevřena škola pro italské děti a kaple byla ozdobena bohatou štukovou výzdobou od jednoho italského umělce. Z jednoduché nemocnice pro chudé, se budova v nynější Vlašské ulici stala sirotčincem a v roce 1671 si vybrala jako svého patrona Sv. Františka Borgia.
Umělecká výzdoba nemocnice je považována za jeden z největších klenotů raného pražského baroka, zatímco malby v klenbě hlavní lodi a v bočních kaplích Hlavní kaple jsou jedním z prvních barokních děl v Praze.
V následujících letech budova byla různě poškozena vlivem třicetileté války, během které se ztratil i archiv Kongregace, ale byla opět přestavěna a rozšířena o nové budovy, včetně pivovaru, který fungoval až do roku 1724. Pro představu jak důležitá byla nemocnice, stačí pomyslet na to, že podle zdrojů v roce 1779 zde bylo hospitalizováno 1187 osob.
